Desde su apertura al público y la correspondiente puesta en valor en el año 2005, al término "Territorio El Soplao" se le pueden dar cinco acepciones tan diferentes como patrimonio geológico, patrimonio minero, patrimonio paleontológico, desarrollo turístico e investigación científica.Todas ellas han convertido al Territorio El Soplao en un activo muy relevante, llegando incluso en algunos aspectos a posicionar a Cantabria a nivel mundial.. Sin duda alguna, la investigación científica es una de ellas y fundamentalmente se debe al entramado de líneas y centros de investigación que cotidianamente desarrollan su actividad en el Territorio El Soplao. Se debe reseñar que los trabajos desarrollados en este entorno abarcan proyectos de investigación, tesis doctorales, ponencias en congresos internacionales, publicaciones en revistas internacionales de alto impacto científico etc.

Entre la multitud de líneas y centros de investigación se pueden reseñar el los análisis geomorfológico de la cueva y de espeleotemas liderada por el Instituto Geológico y Minero de España, la investigación de todo lo relacionado con el ámbar y sus inclusiones desarrollado fundamentalmente por la Universidad de Barcelona, el control ambiental de la cueva, realizado por la Universidad de Almería, el patrimonio minero y modelización de galerías mineras y elementos concretos de la cueva, llevado a cabo por la Universidad de Cantabria y otras colaboraciones internacionales como la Universidad de Bolonia, Melbourne, etc.